Wenn ein Steuerbürger mit einer Entscheidung des Finanzamtes über seinen Einspruch nicht einverstanden ist, steht ihm der Weg zu einem der Finanzgerichte im jeweiligen Bundesland zu, in dem das Finanzamt ansässig ist. Gegen die Entscheidungen der Finanzämter können die Gerichte aber i. d. R. erst angerufen werden, wenn vorher ein Einspruch beim Finanzamt keinen Erfolg hatte. Hiervor gibt es zwei Ausnahmen: Wenn das Finanzamt mit der direkten Klage einverstanden ist oder wenn das Finanzamt nicht innerhalb angemessener Zeit (i. d. R. sechs Monate) über den Einspruch entschieden hat. Aus der Rechtsbehelfsbelehrung in der Einspruchsentscheidung geht auch das zuständige Finanzgericht hervor.
Wie beim Einspruch beträgt die Frist zur Klageerhebung einen Monat nach Zustellung der Einspruchsentscheidung. Für die Klage braucht man grundsätzlich keinen Anwalt oder sonstigen Vertreter der steuerberatenden Berufe; wegen der bei diesem Verfahren einzuhaltenden Förmlichkeiten und des schwierigen Rechtsgebiets ist aber die Vertretung durch eine fachkundige Person dringend zu empfehlen.
Nicht für alle Steuerarten ist das Finanzgericht zuständig. So z. B. nicht für die Gemeindesteuern, wie die Hundesteuer, Vergnügungssteuer, Zweitwohnungsteuer und in Teilbereichen nicht für die Gewerbesteuer und Grundsteuer. Für diese Fälle sind die Verwaltungsgerichte die richtige Instanz. Auch über Steuerstraftaten, wie die Steuerhinterziehung, entscheidet nicht das Finanzgericht, sondern ein Amts- oder Landgericht bzw. Oberlandesgericht.
Nach Einreichung der Klageschrift und der i. d. R. folgenden Entgegnung durch das Finanzamt sowie evtl. weiterer schriftlicher Aussagen zum Rechtsfall, findet eine öffentliche Verhandlung vor dem Gericht statt. Diese kann unterbleiben, wenn beide Parteien damit einverstanden sind. Das Gericht entscheidet in der Besetzung mit drei Berufsrichtern und zwei ehrenamtlichen Laienrichtern (auch Schöffen genannt). Sämtliche Richter haben das gleiche Stimmrecht bei einer Abstimmung über die Entscheidung. Auf Antrag der Klägerin/des Klägers kann das Gericht die Öffentlichkeit ausschließen, dies soll der Wahrung des Steuergeheimnisses dienen. Das Gericht kann Zeugen vernehmen, Belege und Unterlagen anfordern, ggf. Sachverständige beauftragen und auch weitere Personen zum Prozess beiladen. Letzteres erfolgt dann, wenn z. B. ein Gesellschafter einer Personengesellschaft Klage erhebt, von einer Entscheidung aber auch andere Mitgesellschafter betroffen würden.
